Europa: mas resistencia antimicrobiana en cerdos que en pollos de engorde

En el estudio de metagenómica más grande de animales de producción hasta la fecha, la Universidad Técnica de Dinamarca ha encontrado más resistencia a los antimicrobianos en cerdos que en pollos de engorde, pero una mayor diversidad de genes de resistencia en pollos de engorde.

Universidad Técnica de Dinamarca.

Tratar a los animales con antimicrobianos puede hacer que las bacterias se vuelvan resistentes, y estas bacterias resistentes pueden propagarse a los humanos a través de la cadena alimentaria y el contacto cercano con los animales. Los datos sólidos que muestran dónde, qué tipo y cuánta resistencia antimicrobiana existe son necesarios para combatir las bacterias resistentes en los animales y evaluar el efecto de las iniciativas políticas dirigidas a limitar la presencia de resistencia antimicrobiana.

Esta es la razón por la que Dinamarca ha monitoreado la presencia de resistencia a los antimicrobianos y el uso de antimicrobianos en animales y humanos de producción durante más de 20 años a través del programa de monitoreo DANMAP.

Sin embargo, los métodos de monitoreo actuales solo muestran la punta del iceberg, ya que se basan en aislar y desarrollar microorganismos específicos que causan enfermedades y determinar la aparición de resistencia antimicrobiana específicamente en esos organismos.

Nuevos métodos producen enormes conjuntos de datos.

La secuenciación metagenómica, por otro lado, puede proporcionar una imagen mucho más detallada del grado de resistencia, porque este método mapea todo el material de ADN en una muestra y no solo en los organismos seleccionados. Como tal, los investigadores pueden detectar resistencia en organismos, de los que no sabían que existían.

Investigadores del Instituto Nacional de Alimentos, Universidad Técnica de Dinamarca, lideraron el estudio de metagenómica más grande de animales de producción hasta la fecha, donde ellos, junto con otros investigadores europeos, han trazado el alcance y el tipo de resistencia que existe en los cerdos y pollos de engorde europeos.

Los investigadores utilizaron la supercomputadora DTU Computerome para analizar las secuencias de ADN de muestras de heces recolectadas de más de 9,000 cerdos y pollos de engorde en 359 granjas en nueve países europeos. Esto dio lugar a la secuenciación de más de 5,000 billones de nucleótidos de ADN, lo que equivale a más de 1,500 genomas humanos.

Resultados conocidos y sorprendentes.

“Como se vio en estudios previos de especies bacterianas individuales, hemos encontrado una correlación entre el consumo y la resistencia. Como tal, sorprendentemente encontramos menos resistencia en las granjas danesas y holandesas, donde los agricultores usan cantidades más bajas de antimicrobianos que en los otros siete países”. Postdoc Patrick Munk del Instituto Nacional de Alimentos dice.

“Sin embargo, fue una sorpresa que, aunque encontramos más resistencia en los cerdos que en los pollos de engorde, hubo una mayor diversidad en los genes resistentes en los pollos de engorde. También observamos grandes diferencias en los perfiles de resistencia entre los países, que se deben a las diferencias en el uso de antimicrobianos. , diferencias en la composición bacteriana y quizás otros factores desconocidos “, añade.

Los investigadores también han podido utilizar los resultados del estudio para determinar la propagación de genes seleccionados de resistencia problemática , como mcr-1, que causa resistencia a la colistina antimicrobiana. El análisis muestra que mcr-1 se encuentra con mayor frecuencia en pollos de engorde búlgaros e italianos.

Los estudios metagenómicos muestran mucho potencial.

A diferencia de los métodos analíticos tradicionales, los datos sin procesar de los estudios de metagenómica se pueden reutilizar en el futuro para examinar otros problemas. A medida que los investigadores detectan más genes de resistencia, esto les permitirá reciclar datos sin procesar de antiguos estudios de secuenciación metagenómica para descubrir cómo estos genes han surgido y se han propagado.

“Un archivo digital de datos metagenómicos de animales de producción tiene un gran valor y, por lo tanto, recomendamos que se introduzcan métodos de monitoreo de resistencia basados ​​en la secuenciación metagenómica además del monitoreo de resistencia de rutina existente “, dice Patrick Munk.

El estudio se realizó en colaboración con colegas del proyecto EFFORT, financiado por la UE. Los resultados se describen con más detalle en un artículo científico en la revista Nature Microbiology : “Abundancia y diversidad de la resistencia fecal en cerdos de sacrificio y pollos de engorde en nueve países europeos”.

Para el estudio, se recolectaron muestras de Bélgica, Bulgaria, Dinamarca, Francia, Alemania, Italia, los Países Bajos, Polonia y España.

Más información: Abundancia y diversidad de la resistencia fecal en cerdos y pollos de engorde en nueve países europeos, Nature Microbiology (2018). DOI: 10.1038 / s41564-018-0192-9 

Referencia del diario: Nature Microbiology  

Proporcionado por: Universidad Técnica de Dinamarca

FUENTE: phys.org